Κτίσθηκε το 1088 μ.Χ. επί Αυτοκράτορος Αλεξίου Α΄ του Κομνηνού, ο οποίος με χρυσόβουλλον έδιδε διαφορετικά δικαιώματα στη Μονή, ταυτόχρονα δε όριζε όπως « αι Μοναί Πάτμου και Αμοργού να είναι αδελφικαί και να διορίζηται ηγούμενος της Μονής Πάτμου εκ των Μοναχών της Αμοργού  και της Αμοργού εκ των της Πάτμου».

Σχετικά με την εικόνα της Παναγίας λέγεται ότι επί εικονομαχίας ερρίφθη στη θάλασσα από κάποια ευγενή κυρία της Ασίας ώστε να αποφευχθεί η καταστροφή της. Η παράδοση θέλει η εικόνα εκείνη να έρχεται με βαρκάκι στην Αμοργό, ακριβώς κάτω από το σημείο όπου σήμερα βρίσκεται το περίλαμπρο Μοναστήρι.

Το κτίσιμο της Μονής επί Αυτοκράτορος Αλεξίου Α΄ Κομνηνού δεν συνταυτίζεται χρονικά με τις εικονομαχίες που ήταν προγενέστερες.

Μια λύση σ’ αυτήν την διαφορά είναι ότι η Μονή ανεκαινίσθη επί Αλεξίου Α΄ Κομνηνού και ότι προϋπήρχε κτίσμα.

Επομένως πρόκειται για τέμενος πέραν των χιλίων διακοσίων ετών. Η τελική κατασκευή του αποτελεί θαύμα δύναμης θελήσεως και ταυτόχρονα κομψοτέχνημα λευκό, δεμένο με τον σκούρο βράχο.

Θεωρείται από πλευράς θέας και αρχιτεκτονικής μοναδικό στον κόσμο. Τέμενος που άφησε έκπληκτους τους περιηγητές των προηγηθέντων αιώνων και συνεχίζει να σαγηνεύει τις χιλιάδες των σημερινών επισκεπτών που κατακλύζουν το νησί και οι οποίοι όλοι το επισκέπτονται.

Έχει κτισθεί σε κοίλωμα κάθετου βράχου, απόληξη του όρους Προφήτης Ηλίας, σε ύψος 300 μέτρα από τη θάλασσα και το αυτό ύψος προς το ξέφωτο του βράχου.

Η αγριότητα του τοπίου είναι απερίγραπτη. Όμως η θέληση των Χριστιανών δημιούργησε αυτό το μνημείο το οποίο σύμφωνα με μελετητές σήμερα είναι δύσκολο να κατασκευαστεί. Το όλο τεράστιο οικοδόμημα αποτελείται από έναν τοίχο προς τη Νότια πλευρά μήκους 40 μέτρων, και τον ανατολικό τοίχο όπου και η είσοδος πλάτους μόλις ΠΕΝΤΕ μέτρων! Γι’ αυτό και λέγεται « το Μοναστήρι του ενός τοίχου».
Ο μέγας εξωτερικός τοίχος στο πέρασμα του χρόνου παρέστη ανάγκη να ενδυναμωθεί. Έτσι κατασκευάσθηκαν δύο αντηρίδες ( σκάρπες) που πρόσθεσαν νέα ιδιομορφία στο κτίσμα.

Το κτίριο αποτελείται από ΟΚΤΩ ορόφους που λόγω της ιδιόμορφής τους κατασκευής δεν επικοινωνούν ευθέως μεταξύ τους.

Από την είσοδο με ίσια κλίμακα φτάνει ο επισκέπτης στον 4ο όροφο! Τα δωμάτια που περικλείονται στο κτίσμα είναι πάρα πολλά. Εγγίζουν τα ΕΚΑΤΟ. Και στην κορυφή η εκκλησία.

Πλούσια Μονή με πολλούς μοναχούς πάλαι ποτέ έπρεπε να έχει και τους ανάλογους χώρους. Αυλές, τραπεζαρίες, αποθήκες, πηγάδια ομβίων, φούρνοι, δωμάτια μοναχών και κυρίαρχο αυτών το σκευοφυλάκειο, συνθέτουν το σύνολο του περιφήμου οικοδομήματος.

Ο πλούτος της Μονής σε αγροτεμάχια βρισκότανε σ’ όλα τα γύρω νησιά, Σάμο, Ικαρία, Ίο, Νάξο, Σαντορίνη ακόμα και Κρήτη. Είχε και ιδιόκτητα νησιά. Πέραν αυτών είχε και πλούσιο θησαυροφυλάκειο και πολλούς χειρόγραφους κώδικες μεμβράνες καθώς και το περισπούδαστο « Βραβείο», ήτοι κτηματολόγιο.

Επρόκειτο για Μονή φημισμένη και εύπορη.

Υπέστη πολλές αναγκαστικές απαλλοτριώσεις της περιουσίας της από  το Κράτος, για να δοθούν σε ακτήμονες καλλιεργητές. Χαρακτηριστική η παράδοση από την έναρξη κτίσεως της Μονής.

Μετά την ανεύρεση της εικόνας έπρεπε να φτιάξουν εκκλησία για να στεγασθεί. Όμως η παράδοση λέει ότι την ημέρα κτίζανε και το βράδυ όλα ήταν γκρεμισμένα.

Τότε, ο πρωτομάστορας, βλέποντας τη απογοήτευση των συνανθρώπων του, παρακάλεσε την Παναγία να του φανερώσει τον τόπο όπου ήθελέ να χτιστεί το Μοναστήρι. Την επόμενη μέρα, μια έκπληξη περίμενε τους πιστούς Αμοργιανούς. Πάνω σ’ έναν απόκρημνο βράχο, πολύ ψηλά από εκεί όπου σήμερα είναι χτισμένο το Καμπαναριό, ήταν καρφωμένη η σμίλα ( καρφί), με το ζεμπίλι και όλα τα εργαλεία του πρωτομάστορα, δείγμα ότι εκεί ήθελε να ανεγερθεί ο Ναός.Το καρφί του πρωτομάστορα έμεινε καρφωμένο στο βράχο μέχρι το 1956, οπότε κι άρχισε η απαλλοτρίωση των κτιρίων του Μοναστηριού. Τότε, έπεσε στην αυλή του Μοναστηριού και οι πιστοί θεώρησαν το γεγονός σημάδι αντίδρασης της Παναγίας στην απαλλοτρίωση. Η σμίλα βρίσκεται σήμερα σε προθήκη στην Εκκλησία της Μονής.

Στην Αμοργό είχε συνεισφέρει  τα μέγιστα. Από την εποχή της Τουρκοκρατίας, οι φιλομαθείς νέοι εύρισκαν αρωγή με τη βοήθεια της Μονής. Το 1821 λειτούργησε το πρώτο Σχολείο, τον διδάσκαλο του οποίου πλήρωνε η Μονή από δικούς της πόρους.

Σήμερα δέχεται πολλές χιλιάδες τουριστών απ’ όλα τα σημεία της υφηλίου.

Οι Αμοργιανοί σεμνύονται για το Μοναστήρι τους το οποίο ευλαβούνται ιδιαζόντως.

Εορτάζει στις 21 Νοεμβρίου.

Απέχει δύο χιλιόμετρα από την Χώρα, στην οποία υπάρχει και το Μετόχι της  ο «Φωτοδότης».